Daha sonra ise makineler, kendilerini yaratıcıları gibi kusursuz görüyorlar ve ihtiyaçları için Matrix'in içinde kendi yansımaları olan bir çok program oluşturuyorlar. Makinler git gide insanoğluna benzeyerek başarısız olan veya işi biten her programı siliyor yani öldürüyorlar. Son olarak Matrix'i korumak için oluşturdukları Smith isminde bir programı, başarısız olduğu için silmek yani öldürmek istiyorlar. Sahibinden saygı görmeyen Smith, kendisini yok etmek isteyen yaratıcısına karşı isyan ediyor ve bir virüse dönüşüyor. Böylece önce Matrix'in kontrolünü ele geçiriyor ve sıra makine şehrine geliyor iken Neo'nun müdahalesi ile makineler kurtuluyor.