Neo'nun üstün güçleri meselesi de aynı şekilde. Dünyanın en güçlü bilgisayarlarından olan insan beynine, Matrix'te oluşan bug sonucu bazı özelliklerin yüklenmesi ile Neo makineleri kontrol edebiliyor. Bunu şöyle düşünün, nasıl herhangi bir laptopa veya masaüstü bilgisayara, devasa bir sanayi makinesinin ya da savaş makinesinin kontrolünü yükleyebiliyorsanız, nasıl ki tek tuşla devasa uyduları, savaş araçlarını kontrol edebiliyorsanız, Matrix'te oluşan bu bug da, Neo'ya makinelerin kontrolünü ele geçirme gibi özellikleri yükleyebiliyor.

Bütün mesele bundan ibaret...