Harzem’de ayaklanan halk, Kuteybe ile işbirliği yaptığı için Caygan’ı öldürür.. Bunun üzerine, Kuteybe bütün Harzem’i yakıp yıkar, halkı kılıçtan geçirir.. Harzemli ünlü Türk bilgini, Biruni Harzem’deki uygarlığın yok edilişini şu şekilde anlatır.. “Kuteybe, her çareye baş vurarak Harzemlilerin yazılı dilini bilenleri, geleneklerini koruyanlarını, bütün bilginleri öldürttü, böylece herşey karanlıklara gömüldü.. islam Harzemlilerin içinde girerken, onların tarihi hakkında bilinenleri artık öğrenme olanağı bırakmadı.. Harzem’i yıktıktan sonra Kuteybe, Semerkant üzerine yürür.. Semerkant meliki Gurek üzerine gelen Müslümanlara karşı diğer Türk Beyliklerinden yardım ister.. Taşkent ve Fergane’den yardım gönderir, fakat gelen birlikler yolda Kuteybe’nin askerleri tarafından pusuya düşürülerek yok edilirler.. Semerkant, kuşatılır.. Araplar mancınık ateşi ile saldırırlar.. Daha fazla dayanamıyacağını anlayan Gurek, Kuteybe ile anlaşmak zorunda kalır..Bu anlasmaya göre,

1.Semerkant Araplara hersene 2.200.000 altın ödeyecektir..
2.Bir defaya mahsus olmak üzere 30.000 Türk gencini esir olarak verecektir..
3.Şehirde Cami yapılacaktır..
4.Şehirde eli silah tutan kimse dolaşmayacaktır..
5.Tapınak ve putlardaki tüm mücevherler Kuteybe’ye teslim edilecektir..

Daha sonra Kuteybe, altından yapılan putları erittirerek alır ve Merv’e geri döner.. Dönerken kardeşi Abdurrahman bin Muslim’i Semerkant’ın başına vali olarak bırakır..
Kuteybe’nin Merv’e dönüşünden sonra, Türkler kendi aralarında işgalci Müslümanlara karşı bir direniş birliği kurarlar.. Zaman zaman Ceyhun ırmağını geçerek Araplara pusu kurar ve ciddi zararlar verirler.. Haccac Kuteybe’ye Taşkent ve Fergana’yi işgal etmesi talimatını verir.. Kuteybe Taşkent’e gider fakat başarılı olamaz.. Bu arada Haccac ölür. Halife Velid, Kuteybe’ye Türklere karşı savaşları devam ettirmesini söyler.. Kuteybe bu sefer Kasgar’a doğru yola çıkar.. Tam Kasgar’ı kuşatacakken Halife Velid ölür, yerine Süleyman ibni Abdülmelik halife olur.. Bu yeni Halife ile arası hiç iyi olmayan Kuteybe Kasgar seferini yarıda bırakarak ona karşı ayaklanır, ancak kendi komutanları tarafından 11 yakını ile birlikte 716 senesinde kafası kesilerek öldürülür.. Çünkü Kuteybe’nin komutanları Halifeye karşı gelmek istememişlerdir..