Bir barmen olan Desmond Miles, Abstergo Şirketi tarafından kaçırılır. Orada Animus adlı, kullanıcısının atalarının genetik hafızasını tekrar canlandırabilen bir makineye zorla bağlanır. Desmond'un üzerinde, Üçüncü Haçlı Seferi döneminde yaşamış bir suikastçi olan atası Altaïr Ibn-La'Ahad hakkında bilgi almak üzere çalışmaya başlarlar. Animus'un içinde, Altaïr'in anılarını ortaya çıkartır ki, kendisi bir tapınaktan önemli bir artefaktı almak isteyen Robert de Sable'i durdurmak istemektedir. Ancak bu sırada Suikastçı Kardeşliği'nin üç yeminini de bozar. Kardeşliğin lideri, Al Mualim, Altaïr'in rütbesini çıraklığa düşürür ve eski saygınlığını kazanması için dokuz kişiye suikast düzenlemesini ister.

Altaïr suikastları tamamladıkça her birinin , Robert de Sable'ın da kaçırmaya çalıştığı objeye benzer, "Cennetin Parçaları" adlı objeleri arayan birer Tapınak Şövalyesi olduğunu öğrenir. Altaïr nihayetinde Kral Richard'ın önünde Robert ile karşılaşır ve Robert'i ihanetle suçlar. Robert, Altaïr'in ona iftira attığını ileri sürse de Kral Richard ona inanmaz ve adil bir düello yapmalarını ister. Ardından Altaïr, Robert ve yandaşlarıyla savaşarak hepsini öldürür. Robert, Altaïr'e ölmeden önceki son nefesinde onuncu tapınak şövalyesinin varlığından bahseder: Al Mualim. Kafası karışık bir şekilde kardeşliğe geri dönen Altaïr, Al Mualim'in insanların bilinçlerini kontrol etmeye yarayan Cennetin Parçası'nı kullanarak Masyaf'ın halkını hipnotize ettiğini görür. Masumlarla savaşıp yolunu açarak Al Mualim'e ulaşır ve onunla kozlarını paylaşır. Nihayetinde Altaïr, Al Mualim'in Parçayı kullanarak yarattığı illüzyonlardan kurtulup onu öldürür. Al Mualim ölünce elinden düşüp yuvarlanan objeye yaklaşınca teknolojik aygıt aktive olur ve Dünya'nın üzerindeki diğer Cennet Parçaları'nı gösteren bir projeksiyon çalışır.

O sırada, görevini tamamladığı için Desmond Animus'tan uyandırılır. Farkına varır ki Abstergo günümüzün Tapınak Şövalyeleri organizasyonudur. Abstergo şimdi Altaïr'in haritasında görünen noktalarda yer alan diğer Cennetin Parçaları'nı arayacaktır. Bu sayede 2012'de olabileceği varsayılan dünyanın sonu durumunun gerçekleşmemesi için tüm insanları kontrol altında tutabileceklerdir. Desmond'un hayatı, Abstergo'nun bir çalışanı sanılan ancak aslında bir suikastçi olan Lucy Stillman tarafından kurtarılır. Kilitli odasında kalan Desmond, atası Altaïr olarak zaman geçirmiş olduğundan "kartal görüşü" yeteneği kazanmış ve kendisinden önce üzerinde çalışılan Denek 16 tarafından duvarlara yazılmış "kan izleri"ni görmüştür. Tüm Haşhaşilerin sahip olduğu bu yetenekle gördüğü izler kendisinden önceki Denek 16 tarafından kanla duvarlara ve yerlere yazılmış olan, dünyanın sonunun geleceğine dair kehanetlerde bulunan çeşitli mesajlardır.