3 stepte incelenir

1- total atomlar arası mesafe en az olacak şekilde birbirine yaklaştırıldığında karşılıklı iki atomu arasından proton geçemeyecek kadar yakınlaşabilen eşit atom sayılı iki bölge iki molekülde de belirlenir

2- hidrojen bağı sayısı fazla olanın bağlanma gücü yani affinitesi daha fazladır ve o kısım bağlanır

3- hidrojen bağı sayısı eşitse karşılıklı olarak en apolar ( suyu en az seven) atom grubu birbirine 1. maddeyi sağlayabildiği koşullarda bağlanır.

ilaç aktif maddesi bir kanala enzime transkripsiyon faktorüne veya bunların karicinde klas maddelere yani medyatör faktötlere bağlanabilir ve bu bağlanma sonunda bir miktar ilaç maddesi çözünür halde kalmak zorundadır işte bu çözünür kalan kısım vücuttan bir şekilde itrah edilir edildikçe konsantrasyonu düşer düştükçe yavaş yavaş bağlandığı yeri terk eder. EĞER yok edilemediği bir hücreye aşırı birikir ise orada uzun yıllar kalabilir ve yavaş yavaş kana salınıp etkisini yıllarca sürdürebilir ki buna örnek kemik dokusu ilaçları mevcuttur kullanımı risklidir. doğada moleküller her zaman kendine en benzeyen molekülü ister lakin hidrojen bağı buna bir ayrı parantez açabilen bir olay. esas olarak bütün doğal moleküler olaylar bu 3 madde kuralına göre birbirine bağlanır